二手离心机使用时要放置在平稳、坚固的台面上（它的底座都装有橡胶吸脚，借助于大气压力及仪器本身的重量，紧贴于台面）；大容量低速二手离心机和高速冷冻二手离心机要相应地安放在坚实的地面上，水平放置。速二手离心机重达数百公斤，应放在很坚实的地面上并有防尘、防潮设备，保证离心室达到真空度，正常运行。二手离心机工作前，应将负荷平衡，重量误差越小越好，否则会引起剧烈震动，损坏离心转头及转轴。
离心器分离支架必须在安置离心管后运转，严禁空架运转。二手离心机启动时，转速开关或G值旋钮应放在低档位，启动后再逐步调节到所需要的数值。一次工作后，须将旋纽调至低档位再次工作，在高转速挡或高G值档禁止直接启动。
选择合适的转头，控制转头的转速。在下述情况下要降低转头的高转速：转头的运转时间和运转次数达到规定的寿命时；当转头受到局部表面损伤或出现管孔内轻微腐蚀时；使用不锈钢离心管、套管、厚壁管或离心瓶时；样品平均密度超过1。2g／cm3时；转头受到高温时。
转头在每次使用前要严格检查孔内是否有异物和污垢，以保持平衡。转头必须保持干燥清洁，切勿碰撞擦伤。如不慎跌落，应对转头进行X光拍片检查，确认无内部损伤后方可继续使用。转头每次使用后应用温水（50℃～60℃）及中性洗涤剂浸泡清洗，用蒸馏水或去离子水冲洗，软布擦干后用电吹风烘干、上蜡，干燥保存。
